众所周知，在胚胎时期，哺乳动物和人类所有器官和组织的基质都起源于器官发生之前和阶段的间充质干细胞的共同库。因此，据信在成熟的生物中，大多数间充质干细胞应位于结缔组织和骨组织中。已经发现，疏松的结缔组织和骨组织的基质的细胞成分的主要部分由定型的祖细胞代表，但是该祖细胞保留了在体外增殖和形成克隆的能力。
除了成年生物的骨髓和其他间充质组织区以外，脐带血可能是MSC的另一种来源。已经显示，脐静脉血液包含具有与多能间充质祖细胞相似的形态和抗原特性的细胞，能够粘附并且就分化潜能而言不劣于骨髓来源的多能间充质祖细胞。
