干细胞治疗是一项相对较新的技术，尽管这项技术在国内外都有相应的应用，可是这种技术治疗肝硬化存在相应的缺陷，存在安全性、实用性等问题，因此被叫停。现阶段用于治疗的干细胞主要来源于其他人，当移植到病人身体内时，很可能会出现排斥反应，进而致使手术失败。如果干细胞来自病人自身，通常不会引起排斥反应，但如果被简单的注射回身体内，干细胞的分化和生长就没法获得控制，因此肿瘤会持续发展，从而致使癌症，在安全性上是没有保障的。干细胞治疗只有活的干细胞才有用，一旦被制成注射剂或口服液，干细胞就会变成死亡细胞，不再具有干细胞的特性。因此，即使药剂由干细胞制造，可能仍然没法起到作用，因此实用性相对来说小，而现阶段治疗肝硬化较好的方法就是肝移植。
